设计全面预算控制是在评估全面预算风险的基础上，对全面预算内部控制进行设计的过程，是全面预算内部控制设计的关键环节，基本程序包括：确定全面预算关键控制点；明确全面预算控制目标；提出全面预算控制措施；设计全面预算控制证据；完善全面预算相关制度；绘制全面预算控制流程图；编制全面预算控制矩阵。
1、设计关键控制点。企业在构建与实施全面预算内部控制过程中，要针对全面预算风险评估的结果，确定全面预算的一般控制点和关键控制点，并编制全面预算控制要点表。确定全面预算的一般控制点和关键控制是件很困难的事，要根据企业实际情况确定，也因人们的专业判断而有所差异。《全面预算指引》重点对预算编制、预算执行和预算考核等环节进行了规范。
2、设计控制目标。全面预算控制目标就是要保证全面预算合法、安全、有效、可靠，从而有效控制全面预算中可能存在的各种风险。实际工作中，应根据识别出来的全面预算具体风险来设计，不能固定化、模式化。
3、设计控制措施。企业在构建与实施全面预算内部控制过程中，要强化对全面预算控制点、尤其是关键控制点的风险控制，并采取相应的控制措施。企业全面预算控制措施要与全面预算相融合，嵌入到全面预算流程当中。
按照《全面预算指引》的要求，企业应当加强全面预算工作的组织领导，明确预算管理体制以及各预算执行单位的职责权限、授权批准程序和工作协调机制等。企业应当设立预算管理委员会，负责拟定预算目标和预算政策、制定预算管理具体措施和办法、组织编制和平衡预算草案、下达经批准的年度预算、协调解决预算编制和执行中的问题、考核预算执金年会网页版在线登录入口行情况以及督促完成预算目标等工作，其成员由企业负责人和内部相关部门负责人组成。企业还应下设预算管理工作机构，履行日常管理职责，一般设在财会部门。
4、设计控制证据。为了全面预算制度的有效实施，需要制定必要的表单，作为全面预算制度的附件，为全面预算过程留下控制证据。全面预算相关文件资料很多，包括预算目标、预算政策、预算草案、批准预算文件、预算分析报告及预算考核记录等。
5、优化控制制度。企业需要建立一系列制度体系和保障机制，促进全面预算的作用得到有效发挥。全面预算控制制度不是新建的一套独立制度，而是将内部控制思想嵌入到全面预算制度中去。全面预算制度到底制定多少个，内容到底包括哪些，因企业而有别，从务实角度考虑，不宜过多，可制定一套统一的全面预算控制管理制度。
6、绘制控制流程图。全面预算控制流程图要根据全面预算流程、风险点、控制点及其相关的控制措施，结合具体单位的实际情况来绘制。特别要强调的是，应把全面预算内部控制流程和全面预算流程整合在一起，并在图中标示风险点和控制点。
7、编制控制矩阵。全面预算控制矩阵是对全面预算流程图中风险点、控制措施和控制证据等要素的详细说明与描述，是全面预算内部控制设计结果的集中体现，也是企业内部控制管理手册的重要组成部分。实际上是上述工作的综合汇总。
本阶段设计工作成果是形成《全面预算控制要点及关键控制表》、《全面预算内部控制目标表》、《全面预算内部控制措施表》、《全面预算控制证据表》、《全面预算制度完善建议表》、《全面预算控制流程图》、《全面预算控制矩阵》等。
